1、 办公室(副局级)
2、 总工程师办公室(副局级)
3、 规划计划局(副局级)
4、 水资源局(副局级)
5、 水政与安全监督局(水政监察总队)(副局级)
6、 财务局(副局级)
7、 人事劳动局(副局级)
8、 国际合作与科技局(副局级)
9、 建设与管理局(副局级)
10、河道采砂管理局(副局级)
11、水土保持局(农村水利局)(副局级)
12、防汛抗旱办公室(三峡水库管理局)(水库联合调度管理局)(副局级)
13、审计局(副局级)
14、离退休职工管理局(副局级)
15、直属机关党委(副局级)
16、长江工会(中国农林水利气象工会长江委员会)(副局级)
二、 单列机构长江流域水资源保护局(正局级)
三、 事业单位1、 水文局(正局级)
2、 长江科学院(正局级)
3、 水利部中国科学院水工程生态研究所(正局级)
4、 陆水试验枢纽管理局(正局级)
5、 长江勘测技术研究所(副局级)
6、 长江工程建设局(副局级)
7、 澜湄水资源合作中心(副局级)
8、 综合管理中心(副局级)
9、 网络与信息中心(长江档案馆)(副局级)
10、宣传出版中心(副局级)
11、人才资源开发中心(副局级)
12、机关服务中心(局)(副局级)
13、长江医院(血吸虫病防治监测中心)(副局级)
14、长江流域水土保持监测中心站(正处级)
四、 企业1、 长江水利水电开发总公司(湖北)
2、 长江勘测规划设计研究院
3、 汉江水利水电(集团)有限责任公司(丹江口水利枢纽管理局)
4、 南水北调中线水源有限责任公司